Les objectifs de ce travail visaient d terminer l'importance qualitative, quantitative et fonctionnelle des virus dans le Lac Pavin, en tenant compte des gradients li s la profondeur. Nous montrons que la dynamique de la diversit , de l'abondance et de l'activit lytique du virioplancton du lac est troitement associ e celle des communaut s microbiennes. La prise en compte de l'ensemble de la colonne d'eau indique que la structure des r seaux trophiques microbiens et la place des virus dans ces r seaux d pendent de la profondeur. Finalement, jusqu' 16 % du bact rioplancton serait lysog ne. Ce mode de vie, antagoniste celui lytique, d pend de la disponibilit de l'h te et serait un m canisme de survie virale, pouvant avoir une incidence sur l' volution adaptative des h tes. Ces r sultats montrent que les virus seraient essentiels dans la diversification et l' cologie des communaut s microbiennes, et dans les flux de mati re et d' nergie circulant dans la colonne d'eau.